Il 1 ottobre 1959 viene istituita la "Scuola Media Cecco Angiolieri" (da cui prende il nome il nostro istituto comprensivo), che in origine si trova in Piazza Amendola. In pochi anni la crescita delle iscrizioni (300 alunni suddivisi in 6 sezioni) e la convivenza, presso la stessa struttura, con la scuola elementare determinano presto la necessità di usufruire di spazi maggiori. A tal fine la scuola elementare viene trasferita in Viale Avignone, trovandovi la sua sede definitiva e diventando l'attuale scuola primaria "Baldassare Peruzzi".
Nel 1978 la scuola media "Cecco Angiolieri" viene trasferita in via Pisacane, dove rimane all'incirca vent'anni malgrado la mancanza della palestra, l'assenza di laboratori e, soprattutto, l'inadeguatezza della struttura rispetto agli emergenti diritti degli alunni diversamente abili. Nel 1996 alla scuola viene assegnato l'attuale edificio in via Avignone, che fino ad allora era stato sede dell'istituto magistrale.
A decorrere dal 1 settembre 2000, infine, la scuola media "Cecco Angiolieri" viene associata alla scuola elementare "Baldassarre Peruzzi" e alle scuole dell'infanzia con sede in Viale Avignone e a Marciano, dando vita all'omonimo Istituto Comprensivo. Negli anni successivi l'IC Cecco Angiolieri acquisisce la scuola dell'infanzia sita in Piazza Amendola ma, a seguito della recente riorganizzazione dei cicli, la scuola dell'infanzia di Marciano viene inclusa in un altro istituto comprensivo.